Societatea este condusa de o echipa formata din 5 oameni, numita Birou Executiv sau BEX. Presedintele SSMB se ocupa de relatiile cu tertii, cu Universitatea si cu Facultatea si este coordonatorul reprezentarii studentesti, Vicepresedintele vegheaza asupra relatiilor externe ale Societatii, iar Directorul de proiecte se ingrijeste de numarul mare de initiative ale SSMB.
Secretarul General are in sarcina baza de acte a asociatiei, iar Trezorierul are in
coordonare domeniul financiar-contabil al Societatatii.

Impreuna, cei 5 contureaza directia SSMB-ului in sferele reprezentarii studentesti, ale proiectelor si ale imaginii studentului in medicina in Facultate si in exterior.

SSMB are o structura asemanatoare cu cea a IFMSA, departamentele fiind:

- SCOME (Standing Committee on Medical Education) – Departamentul pentru educatie medicala
- SCOPE (Standing Committee on Professional Exchange) – Departamentul pentru schimburi profesionale
- SCOPH (Standing Committee on Public Health) – Departamentul pentru sanatate publica
- SCORA (Standing Committee on Reproductive Health including AIDS) – Departamentul pentru sanatate reproducerii si HIV/SIDA
- SCORE (Standing Committee on Research Exchange) – Departamentul pentru schimburi de cercetare
- SCORP (Standing Committee on human rights, Refugees and Peace) – Departamentul pentru drepturile omului, refugiati si pace
- Divizia de Imagine si Suport Tehnic
- Divizia de Training si HR
- Biroul de Presa

Pe langa proiectele derulate in cadrul departamentelor mai sus mentionate, avem o serie de proiecte proprii precum:

Congresul National pentru Studenti si Tineri Medici

Black Sea Medical Adventure - BSMA

Photomed – Cerc de fotografie

Corul “Vox Medicalis”